অন্তর্বর্তী সরকারের দায়িত্ব গ্রহণের পরপরই আগস্টের মাঝামাঝি সময়ে দেশের পূর্ব এবং উত্তর অঞ্চলে আকস্মিক বন্যার দুর্যোগ নেমে আসে। ফেনীসহ ১২ জেলাটি জেলা বন্যায় ডুবে যায়। বন্যায় বিপুল সম্পদের ক্ষতি ও প্রাণহানি হয়েছে। সরকার এই বন্যা মোকাবিলায় সম্মিলিত পদক্ষেপ নিয়েছে। ছাত্র আন্দোলনসহ সারাদেশের মানুষ বন্যার্তদের পাশে দাঁড়ায়। উজানে ভারতের ত্রিপুরা থেকে নেমে আসা ঢল ও কয়েক দিনের প্রবল বর্ষণে দেশের ১১টি জেলা ভয়াবহ বন্যাকবলিত হয়ে পড়ে। জেলাগুলো হলো ফেনী, কুমিল্লা, নোয়াখালী, লক্ষ্মীপুর, ব্রাহ্মণবাড়িয়া, চট্টগ্রাম, কক্সবাজার, খাগড়াছড়ি, সিলেট, মৌলভীবাজার ও হবিগঞ্জ। এর বাইরে বন্যাকবলিত হয়েছিল রাঙামাটি জেলা।
